Alexandra Graf erforscht die Welt der Mikroorganismen. Sie ist fasziniert von ihrer Komplexität und will herausfinden, ob Städte individuelle Mikrobiome haben.
Die Idee stammt aus New York. 2013 hat man dort begonnen, Umweltproben in U-Bahnen zu nehmen und das Mikrobiom der Stadt zu untersuchen. Aus der Idee wurde bald mehr. "MetaSUB" ist heute eine weltweite Forschungsinitiative, an der Forscher*innen aus insgesamt 100 Städten teilnehmen. Die Bioinformatikerin Alexandra Graf ist eine von ihnen. Seit 2017 analysiert sie, welche Mikroorganismen für Wien typisch sind.
Wir versuchen gerade, das mit unserer Forschungsarbeit herauszufinden. Im Rahmen von MetaSUB sammeln wir große Datenmengen und analysieren sie. Der Interpretationsspielraum ist dabei zum Teil noch sehr groß. Es gibt beispielsweise Korrelationen zwischen Städten wie Lissabon und New York, doch wir wissen bisher nicht warum. Ein möglicher Ansatz, Städte identifizierbar zu unterscheiden, könnte vielleicht ihr pflanzliches Mikrobiom sein.
Unsere Hoffnung ist, dass wir mit regelmäßigen Mikrobiom-Analysen Krankheitserreger leichter und schneller finden können. Es gibt bereits einige Publikationen, die besagen, dass die Corona-Pandemie anhand mikrobiologischer Analysen von Abwässern vorhergesagt hätte werden können. Das sind wichtige Erkenntnisse, mit denen auch wir uns im MetaSUB-Konsortium näher beschäftigen. Deshalb werden wir die Wiener U-Bahn-Proben heuer erstmals auf Corona-Viren testen. Die New Yorker Kolleg*innen haben das in ihrer Stadt bereits getan und wir alle warten gespannt auf die Auswertungen.
Wir haben uns mit der Frage beschäftigt, ob sich das Mikrobiom unserer Handflächen ändert, wenn wir mit der U-Bahn fahren.
Offensichtlich tragen wir das auf Oberflächen in U-Bahnen vorhandene Mikrobiom nicht sehr lange mit uns herum. Es gab zwar Unterschiede vor und nach dem U-Bahn-Fahren, das Hautmikrobiom auf den Handflächen unserer Testpersonen blieb aber im Wesentlichen stabil.
Alexandra Graf
Bioinformatikerin und Mikrobiom-Forscherin
Wir haben eine App entwickelt, genauer gesagt ein Programm zur einfacheren Datenanalyse. Zusätzlich wurde eine Website zur Darstellung der Ergebnisse implementiert. Dort sind unsere Daten vom City-Sampling 2017 und vom Handflächen-Sampling 2019 veröffentlicht, wie unsere Ergebnisse aussehen und welches Material wir gefunden haben. Die App kann natürlich auch von anderen Forscher*innen genutzt werden.
Konkret sind drei neue Projekte geplant. Wir werden uns mit dem Mikrobiom in der Forensik und in der Allergieforschung beschäftigen und außerdem die Verschlüsselung von DNA-Daten näher untersuchen.
Mehr dazu im Podcast neunmalklug mit Alexandra Graf "Urbane Metagenomik – kleinste Lebewesen mit großer Aussagekraft"
Wiener Daten von MetaSUB
Masterstudium Bioinformatik
Weitere Studiengänge im Department Applied Life Sciences